首先,在開始功能表中a程式集a附屬應用程式a系統工具a磁碟轉換器(FAT32),執行磁碟轉換器,在一開始的說明畫面,直接按「下一步」,接著選擇你要轉換的磁碟代號,再按「下一步」,接下來會檢查你的系統中是否有和 FAT32 不相容的程式軟體,有的話就會顯示在列表中,如果有你一定要執行的重要程式,那就先不要轉換吧,如果沒有,就按「下一步」吧,然後會要求你做備份,建議不需要備份,直接按「下一步」吧,接下來會告訴你 FAT 轉換程式是屬於 DOS 程式,所以要重新開機在 DOS 下進行,按「下一步」重新開機吧。進入 DOS 模式後就會自動開始轉換了,完成後又會自動重新開機,這一步完全不用動手。再重新進入 Windows 後會立刻對系統做磁碟重組,以便將系統所有檔案正確的轉換到 FAT32 儲存,可以先睡一覺了,重組完成後會出現一個對話框,告訴你轉換已成功,按下「完成」就算大功告成了。
同樣執行該軟體,再左邊的視窗中一樣選擇你要轉換的磁碟代號,在滑鼠右鍵中選擇「轉換(Convert)」,在磁碟格式選擇對話框中選擇 FAT16,按「OK」繼續,關閉 Partition Magic 後一樣出現確認對話框,按「Yes」繼續,相同的,也必須到 DOS 下進行轉換,所以按「確定」吧。重新開機到 DOS 下後就開始轉換了,完成後會再重新開機進入 Windows,轉換工作也就完成了。